La biblioteca trovata negli ambienti della Villa, come le altre biblioteche romane contemporanee, pubbliche e private, constava di un settore greco e di un settore latino.
Il testo più importante del settore greco è l’opera di Epicuro Sulla natura, originariamente in trentasette libri, non nota da altra fonte. Dai papiri ercolanesi sono stati restituiti ampi brani di alcuni libri: secondo, undicesimo, quattordicesimo, quindicesimo, venticinquesimo, ventottesimo e trentaquattresimo, per citare i più estesi.
Sono stati trovati libri di Epicurei della prima generazione, come Colote, Polistrato, Carneisco, o di poco successivi, come Demetrio Lacone e, soprattutto, Filodemo di Gadara, l’autore più testimoniato nella Biblioteca, probabilmente da lui stesso costituita. Le opere di Filodemo spaziano dalla storia della filosofia alla poetica, retorica e musica, all’etica, alla logica, alla teologia.
In ambito stoico sono state individuate alcune opere di Crisippo, di argomento logico e teologico.
Dalla Villa dei papiri provengono anche un centinaio di frammenti latini riconducibili a circa cinquanta rotoli. Negli ultimi anni le lunghe e accurate ricerche di Kleve lo hanno portato ad individuare, in frammenti molto esigui, resti del poema di Ennio, Annales, di una commedia di Cecilio Stazio, L’usuraio e, forse, del II libro del De rerun natura di Lucrezio. Il testo latino meglio conservato contiene circa settanta esametri che hanno come tema la vittoria di Ottaviano su Antonio. Altri due rotoli sembra che contengano una Oratio in Senatu habita ante principem, databile al 27 a. C., e una Oratio iudiciaria.